由于滴灌系统抗堵塞性差，在灌溉水进入滴灌系统之前需要进行系统的沉淀过滤处理。通常滴灌系统要安装过滤器。过滤器是滴灌系统非常重要的组成部分，必须定期进行维护保养，以延长过滤器的使用寿命，保证滴灌系统的正常运行。

对于过滤器，要经常检查过滤器和管道是否有损坏和漏水，过滤系统在灌溉季节结束后必须进行彻底的清洗并把水排空。

过滤系统在运行中，出现以下情况时，必须进行冲洗：

1、系统流量减小。部分堵塞了的过滤器将使流量下降，增加了水头损失，若保持供应相同的流量，会导致能耗增加，这就背离了滴灌节能的理念。

2、过滤器压差增大。过滤元件上下游压差的增大可能造成沉积物进入过滤器介质中，对网式过滤器可能造成永久的堵塞，难以清理。有些情况下过滤器进出口过大的压差还可能造成筛网的物理损坏。

过滤器的冲洗可以手动冲洗或自动冲洗，但不论如何使用，都应采取一种或几种措施定时冲洗。

常见的冲洗控制有以下几种：

1、压差控制冲洗。当过滤器进出口的压差超过预定值时实施冲洗。这一降压可由一压差传感器感受自动启动冲洗，也可由两块压力表指示手动冲洗。

2、容积表控制冲洗。当预定的水量通过过滤器后，自动开始冲洗。水量预定值主要依据水质而定，其测量主要靠计量表。

3、定时冲洗机按设置的固定时间间隔冲洗。时间间隔的确定主要来自操作者的实际操作经验。

常用的滴灌过滤器主要有砂石介质过滤器、叠片式过滤器和网式过滤器，无论在滴灌系统中使用哪种过滤器，都应该对其定期的进行维护保养，排除故障，以保证滴灌系统的顺利进行。

在滴灌系统中，通常有大田滴灌和大棚滴灌，在大田滴灌中，一般灌溉的面积比较大，所以一般使用铸铁的离心加网式过滤器组合，铸铁的离心网式过滤器有三寸和四寸的，在大棚滴灌中，由于面积比较小，通常使用的事塑料制的网式过滤器，通常有2寸（63）、1.5寸（50）、1.2寸（40）、1寸（32）等规格，在滴灌系统中，过滤器是不可缺少的结构。